Fakultas Matematika, Ilmu Pengetahuan Alam dan Kesehatan didirikan bersamaan dengan pendirian Universitas Muhammadiyah Riau melalui SK. Mentri Pendidikan Nasional Republik Indonesia No. 94/D/0/2008
Tanggal 5 Juni 2008 Tentang Pemberian Ijin Penyelenggaraan Program-Program Studi Baru dan Penggabungan Akademi Otomotif, Akademi Keuangan dan Perbankan, Akademi Keperawatan Muhammadiyah Riau menjadi Universitas Muhammadiyah Riau diselenggarakan oleh BPHPT Muhammadiyah Riau.
Fakultas MIPA dan Kesehatan yang merupakan penggabungan tiga buah jurusan baru (Fisika, Kimia dan Biologi) dan satu jurusan yang terdahulu serta telah dikenal masyarakat Riau sebagai D3 Keperawatan Akademi Keperawatan (AKPER) Muhammadiyah, dengan maksud bukan menghilangkan AKPER sebagai institusi, akan tetapi justru ikut mengembangkannya menjadi lebih besar dan lebih berdayaguna dengan mengkomposisikannya dengan MIPA yang merupakan ilmu dasar bagi seluruh rumpun ilmu dunia.